Míg a szellemi egyensúly megtartása nagy kihívást jelent sok gazda számára, a fajta általános egészségi állapota meglehetősen jó. A Border Collie kevésbé hajlamos a betegségekre. Náluk is előfordulnak azonban a fajtára jellemző betegségek. A többi Collie-fajtához hasonlóan náluk is gyakori az MDR1-defekt, mely különböző gyógyszerekkel szembeni túlérzékenységhez vezet. További öröklött betegségnek számítanak a különböző szemproblémák, mint a progresszív retina atrophie (PRA) vagy a collie szem anomália (CEA), a canine ceroid-lipofuszinose (CL) anyagcserezavar vagy a TNS csontvelőbetegség (Trapped Neutrophil Syndrom). Ezen kívül a Border Collie-k – a többi fajtatiszta kutyákhoz hasonlóan – ízületi problémákkal (csípődiszplázia) vagy epilepsziával küzdhetnek.